描述扬子鳄的尾长与身长相近。头较狭长、头顶略高、吻短且平扁、吻端钝圆；外鼻孔位于吻端背面，具活瓣。有鼻瓣，鼻瓣可开可闭；次生腭发达，口腔与鼻腔分开，槽生锥形齿；瞳孔纵裂，眼为全黑色，且有眼睑和膜，所以扬子鳄的眼睛可张开可合闭。颈短，躯干粗阔，背腹略扁；尾长而侧扁；身体外被革质甲片，腹甲较软；甲片近长方形，排列整齐；有两列甲片突起形成两条嵴纵贯全身。四肢短粗，前肢5指无蹼，趾端有爪；后肢4趾半蹼。背鳞起棱，由前向后17列，每列4-6片；腹鳞光滑，共26-28列，每列8-10片；尾鳞约35列。尾背具2行纵嵴，向后渐合而为一，泄殖孔纵裂，交接器1个。身体背面为灰褐色。