描述黑线姬鼠为中小型野鼠，成体体长65～120mm。体较缅瘦，头小、吻尖。耳较短，折向前方达不到眼部。尾长为50～107mm，尾毛不发达，鳞片裸露呈环状。黑线姬鼠的毛色，随亚种和栖息环境的不伺而有一定的变化。体背自头顶至尾基部沿 背中线有条黑色暗纹。此纹在北方较粗且黑，华北亚种较细淡，宁波亚种不明显。通常生活在林缘和灌丛地带的毛色多为灰褐色，带棕色调；栖息于水田和荒地者则棕色调浓重，多为沙褐色。头骨较狭，鼻骨细长，吻部较尖。顶间骨二前外角向前突出至顶骨内，顶间骨略成长方形。门齿孔较小不达左右第一上臼齿前缘。眶上嵴明显。臼齿咀嚼面有三纵列丘状齿突。M1和M2具发达的后内齿尖。M3特别少，咀嚼面内侧具2个突角，其侧前方有一独立的齿突，为该鼠特征之一。老年个体由于被磨损，M3齿冠的2个突角常常混成一块。